Lembangan Sungai Johor merangkumi 14% daripada negeri Johor di Semenanjung Malaysia. Sungai ini serta anak sungainya merupakan sumber air penting bukan sahaja untuk negerinya sendiri tetapi juga untuk jirannya, Singapura. Syarikat Air Johor, SAJ dan Public Utilities Board of Singapore (PUB) setiapnya mengumpul 250,000 meter padu/hari daripada air Sungai Johor berdekatan Kota Tinggi. Kedua-dua skim bekalan air telah berkhidmat sejak pertengahan tahun 1960-an. Tambahan lagi, Empangan Linggiu yang telah siap dan mula mengempang air pada 1993 juga dijadikan bekalan air tambahan kepada Johor dan Singapura.